Tras la Guerra Civil y ya instalado Franco en el poder, este decreta la ley de represión a la Masonería y el comunismo.
El Gran Maestre Martínez Gil intentó reorganizar el Gran Oriente en Francia, pero le fue impedido todo tipo de trabajo masónico por cuestiones de territorialidad, debiendo partir para México donde tuvo mejor acogida. En África del Norte un grupo de 70 HH.•. constituyeron una Logia llamada Ulises.
Algunos textos reflejan la tensión existente entre las distintas ramas por adjudicarse la Regularidad. Martínez Gil estrechará fuertes lazos con el Gran Oriente Federal Argentino – G.•. O.•. F.•. A.•., una Obediencia Liberal y Adogmática, escindida de la Gran Logia Argentina del R.•. E.•. A.•. A.•. , y que permaneció independiente durante el período 1935-1956, hasta que un pacto de unión con la Gran Logia, da nacimiento, en 1957, a la actual Gran Logia de la Argentina de Libres y Aceptados masones.
El G.•. O.•. F.•. A.•. fue conocido como la masonería de los republicanos españoles en Argentina, aunque estos engrosaban las columnas de ambas Obediencias. Miguel Servera, también de origen español, fue Gran Maestre en distintas ocasiones y visitó a Martínez Gil en México. También integraban la Obedencia Liberal Barcia Trelles, Juan Iniesta y Blasco Garzón, entre otros.
Desde 1939 y hasta su reconstitución en México en 1943, tanto en su versión del Grande Oriente, como en el del Supremo Consejo Español del Grado 33, diversas logias españolas se fueron estableciendo en otros países con autorización de sus respectivas potencias masónicas. Sin embargo acabaron siendo colocadas bajo los auspicios del Grande Oriente Español en el exilio. Así bajo la Gran Logia de Francia existía desde 1913 otra logia de habla española, llamada Plus Ultra, en la que en 1931, fue iniciado Ramón Franco Bahamonde a raíz de su exilio tras la sublevación de Cuatro Vientos.
Otras logias de habla española, abiertas a los franceses, fueron la Toulouse de esa misma ciudad, dependiente del Gran Oriente de Francia, y la Exilio de Montpellier, dependiente de la Gran Logia de Francia. Más específicamente españolas, pertenecientes al Gran Oriente Español fueron la Unión Hispana de París, la Fraternidad N.º 23 de Toulouse, y la Unión de Marsella. En el Gran Oriente del Brasil fue fundada otra logia de españoles llamada Renacer Ibérico.
Autoridades del G.´. O.´. F.´. A.´. (Gran Oriente Federal Argentino, 1935-1956), con el Hermano Diego Martínez Barrio, presidente de la República Española en el exilio. Destaca la presencia del también español Miguel Servera, varias veces Gran Maestre de la Obediencia. Fuente: Verbum
A la muerte de Franco se inició el regreso y reorganización de la masonería. En 1979 fue reconocida legalmente e inscrita en el registro de asociaciones del Ministerio del Interior el Gran Oriente Español y Gran Oriente Español Unido. Poco después otros grupos masónicos seguirían el mismo camino: Gran Logia de España, Gran Logia Simbólica Española, Derecho Humano, Masonería Femenina, Masonería Mixta Universal.
Entre los nombres conocidos, y a título de curiosidad, se pueden citar numeroso masones. En el campo de la medicina a Santiago Ramón y Cajal, premio Nobel, y a Luis Simarro, que introdujo la psicología experimental en la universidad española; en el campo de la música a Tomás Bretón; en el de la literatura a Antonio Machado, Juan Ramón Jimenez y Vicente Blasco Ibañez; en el de la pintura a Juan Gris; en el del urbanismo a Arturo Soria; en el de la aeronáutica a Ramón Franco Bahamonde; en el de la política a Juan de la Cierva; en el de la marina a Ángel Rizo Bayona; en el del librepensamiento a Fernando Lozano y Odón de Buen; en el de la pedagogía a Francisco Ferrer y Guardia; en el del anarquismo a Anselmo Lorenzo; en el del socialismo a Fernando Garrido y Rodolfo Llopis; en el del comunismo a Andreu Nin y Daniel Anguiano; en el militar a los generales López Ochoa, Cabanellas, Núnez del Prado, Riquelme y Romerales; como presidente de la Generalitar a Luis Companys; como presidentes del Gobierno a Prim, Moret, Ruiz Zorrilla, Sagasta, Azaña, Lerroux, Martínez Barrio y Portela Valladares; y como representantes especiales de la República se pueden citar a sus últimos Presidente y Jefe del Gobierno en el exilio: José Maldonado y Fernando Valera.
José A. Ferrer Benimeli, “Los masones en la historia contemporánea española”, “La Masonería”, Historia 16, Extra IV- 1977. José Antonio Ferrer Benimeli, “La Masonería