Con la sublevación militar del 18 de julio de 1936, la historia de la masonería española entra en una época de persecución y sistemática destrucción.
El primer decreto contra la masonería data del 15 de septiembre de 1936, y está dado en Santa Cruz de Tenerife, por el comandante en Jefe de las Islas Canarias, general Franco. En él queda declarada la Masonería fuera de la ley, siendo confiscados todos sus bienes.
Una vez concluida la guerra civil, se dicta la primera ley contra los masones el 9 de febrero de 1939 (Ley de Responsabilidades políticas). Un año más tarde, el 1º de marzo de 1940, la Ley para la represión de la masonería, comunismo y demás sociedades clandestinas. En la misma fecha se constituía el Tribunal especial de Represión de la Masonería y Comunismo, que estaría en vigor hasta la creación del Tribunal de Orden Público en 1963. Se establecieron penas de 20 a 30 años de prisión para los grados superiores, y de 12 a 20 para los cooperadores. La depuración llegó a tal extremo que imposibilitaba incluso para formar parte de cualquier «Tribunal de Honor», a quienes tuvieran algún familiar en segundo grado por consanguinidad o afinidad que hubiese sido masón.
La cruzada antimasónica fue una de las obsesiones más profundas y persistentes de Franco y de sus más íntimos colaboradores. El resultado fue prácticamente la desaparición de la masonería en España. La única excepción dentro de la legislación antimasónica española es la referente a las bases militares americanas establecidas en territorio español, en las que dentro de los acuerdos bilaterales entre España y EE.UU. se autorizó el establecimiento de logias masónicas dedicadas exclusivamente al personal militar y civil americano, al igual que las existentes en las bases de la O.T.A.N.
Reproducción malintencionada de un templo masónico existente en el Archivo de Salamanca
Sobre la rapidez del castigo algunos datos –conservados en el Archivo de la Masonería de Salamanca –correspondientes a 1936 son suficientemente expresivos. De la logia Helmantia de Salamanca fueron fusilados 30 masones, entre ellos un pastor de la Iglesia Evangélica. De la logia Constancia de Zaragoza fueron asesinados 30 masones, y entre ellos otro pastor protestante. Del triángulo Zurbano de Logroño, fusilaron a 15 hermanos, del triángulo Libertador de Burgos a 7, y del Joaquín Costa de Huesca a otros 7. De la logia Hijos de la Viuda de Ceuta a 17. De la logia Trafalgar de Algeciras fueron fusilados 24; de la logia Resurrección de La Línea fueron asesinados 9. De la logia Fiat Lux, también de La Línea fusilaron a 3. Todos los masones de La Coruña, entre ellos el Jefe de Seguridad, comandante del ejército Sr. Quesada, y el capitán, Sr. Tejero, fueron asesinados. Todos los masones de la logia Lucus de Lugo fueron fusilados. Todos los masones de Zamora; todos los de las logias de Cádiz que no pudieron escapar; todos los de las logias de Granada hasta un total de 54 fueron fusilados. Igualmente fueron fusilados todos los masones de varias logias de Sevilla, entre ellos D. Fermín Zayas, ilustre militar, miembro del Supremo Consejo. En Valladolid fusilaron a 30 de la logia Constancia, entre ellos al gobernador civil que era masón.
José A. Ferrer Benimeli, “Los masones en la historia contemporánea española”, “La Masonería”, Historia 16, Extra IV- 1977. Y José Antonio Ferrer Benimeli, “La Masonería española: La Historia en sus textos”, Madrid, 1996