Debido a la prohibición del Inquisidor General en 1738, y al posterior edicto de Fernando VI en 1751 condenándola, la Masonería no pudo desarrollarse. Carlos III fue el monarca europeo de su época que más se distinguió por su persecución contra la masonería, y del que más correspondencia se conserva (en Simancas) dedicada justamente a combatir esta institución. Otro tanto hay que decir de su primer ministro, el conde de Aranda, al que tantas veces se le ha adjudicado ser el fundador de la masonería en España y su primer Gran Maestre, cuando ni siquiera se puede probar no ya que fundara la masonería española, sino incluso que perteneciera a la misma.
La masonería se introduce realmente en España de una forma organizada con las tropas napoleónicas, estableciéndose entre 1809 y 1813; una doble masonería, la bonapartista al servicio del emperador, y la de su hermano José, el primer Gran Maestre de la masonería española. Por una parte, en San Sebastián, Vitoria, Figueras, Gerona, Barcelona, Zaragoza, Talavera, Santoña, etc., se van creando logias militares integradas exclusivamente por franceses (oficiales, cirujanos y médicos de los hospitales militares, proveedores, etc.) del ejército de ocupación y que dependían directamente del Gran Oriente de Francia, como las logias Les Amis Fidèles de Napoleon y Le triomphe de l´Amitié en Barcelona, L´Alliance en Burgos, La Double Alliance, La Triple Harmonie y Les Vrais Amis Réunis de Cádiz, Les Amis de la Réunion de Figueras, Napoleon le Grand de Gerona, La Réunion Espagnole y Les Amis de l´Ordre de La Coruña, Les Amis de l ´Honneur et de la Verité, L´Age d´Or y Les Philadelphes de Madrid. Les Freres Unis de San Sebastián, Les Commandeurs du Teyde de Santa Cruz de Tenerife, Les Amis de la Charité y La Sincerité de Santander, Le Gibraltar Francais de Santoña, Les Amis de l´Honneur de Sevilla, Sainte Josephine des Amis Reunis de Talavera de la Reina, Les Amis Reunis de Saint-Jooseph de Vitoria, y Saint-Jean de l´Union Sincere de Zaragoza.
Por otra, especialmente en Madrid, se funda otra masonería también bonapartista, pero de españoles, al servicio del rey José integrada por las logias llamadas tradicionalmente de afrancesados y cuyos principales núcleos fueron las madrileñas logias de Beneficencia de Josefina, Santa Julia, Almagro, y San Juan de Escocia de la Estrella de Napoleón, que constituyeron su propia Gran Logia Nacional de España. La lista de pertenecientes es muy amplia: funcionarios ministeriales, militares, músicos, hacendados, catedráticos, corregidores, pintores, comisarios de guerra, sacerdotes, médicos, escultores, etc. (entre ellos el biógrafo de Carlos IV, abate Muriel).
Paralelamente las Cortes de Cádiz, por medio del Consejo de Regencia, en ausencia y cautividad del rey Fernando VII, prohibían la masonería en España y territorios de ultramar el año 1812. Con el regreso de Fernando VII y la reimplantación de la Inquisición –doblemente abolida por José I y por las Cortes de Cádiz– los masones son de nuevo perseguidos (especialmente después del Trienio Liberal), con no menos de catorce edictos y prohibiciones reales entre 1814 y 1833, que unidos a las bulas pontificias contra la masonería generaron toda una literatura especialmente antimasónica, en la que la masonería quedó identificada con el liberalismo, y con todas las sociedades secretas y patrióticas de la época. En adelante, a todos los graduados de las Universidades, y a quienes ejerciesen cualquier empleo, profesión u oficio público: eclesiástico, militar, civil o político, antes de tomar posesión de sus destinos, se les obligó a una declaración jurada de no pertenecer ni haber pertenecido a ninguna logia, ni asociación secreta de cualquier denominación que fuera. En una Real Cédula se previno que «los masones, comuneros y otros sectarios» en adelante deberían ser considerados como enemigos del altar y del trono, quedando sujetos a la pena de muerte y confiscación de bienes.
Fusilamiento de Torrijos y sus amigos, Antonio Gisbert Pérez, 1888, museo del Prado
Los historiadores de la época describen los atropellos contra los liberales cometidos por el gobierno y las partidas de realistas que rondaban los pueblos predicando el exterminio de francmasones. Patricio de la Escosura, recuerda cómo una turba de realistas asaltó a Ventura de la Vega en la Puerta del Sol «por dejarse crecer el pelo y llevar melenas, crimen reputado a la sazón como infalible síntoma de masonismo».
En síntesis, tal vez se pueda admitir como hipótesis de trabajo que entre 1814 y 1820 fue un movimiento que seguía tres cauces: una francmasonería con resabios conservadores, difundida por los franceses y vinculadas al régimen en tiempos de la ocupación; un grupo nacionalista-liberal, que tal vez acusaba influencias de la masonería inglesa, y que acabaría haciéndose fuerte en Cádiz (se trata de la masonería de Ystúriz, Alcalá Galiano y Mendizábal); y una masonería puramente militar de jóvenes oficiales activistas, entre los que habría que citar a Van Halen, Antonio Mª del Valle, José Mª González, José Mª Torrijos y Juan Romero Alpuente, entre todos.
A pesar de las amnistías de los años 1832, 1833 y 1834, la masonería siguió prohibida y fuera de la ley durante el largo reinado de Isabel II. A las penas de privación de empleo e inhabilitación perpetua se añadieron otras de prisión o destierro de hasta seis años, así como considerables multas. Esto hizo que prácticamente no existiera una masonería organizada en España. No obstante, hubo intentos más o menos positivos de hacerlo desde el extranjero, especialmente desde Lisboa, donde ya en 1839 se constituye un Grande Oriente Nacional de España. Otros intentos de organizar una masonería en España vinieron desde Francia, por parte de la llamada Masonería Hespérica Reformada (1845), o del Grande Oriente de Francia. No obstante, y a pesar de la vigilancia policial, hay constancia documental de la fundación de algunas logias aisladas entre 1837 y 1868 establecidas en Granada, Bilbao, Vitoria, Gijón, Barcelona y Cádiz, todas ellas de origen y dependencia del exterior, concretamente de Francia, Inglaterra, Portugal, Uruguay y hasta de Cuba.
Tras la revolución de septiembre de 1868 la Francmasonería española se reorganizó al menos en tres grupos, a saber: el constituido por los masones que se agruparon en torno a Ramón Mª Calatrava como Gran Maestre del Gran Oriente Nacional de España; el formado por las logias que dependían del Gran Oriente Lusitano; y el compuesto por aquellos masones que quisieron organizar la Masonería sobre bases más democráticas y racionales y que fundaron un Gran Oriente de España, eligiendo para Gran Maestre a Carlos Celestino Magnan y Clark. Alguna logias de Andalucía se agruparon constituyendo una Gran Logia Independiente Española. Mientras, en Barcelona, las logias de Cataluña, crean un cuerpo intermedio intitulado Gran Capítulo Catalán.
José A. Ferrer Benimeli, “Los masones en la historia contemporánea española”, “La Masonería”, Historia 16, Extra IV- 1977. Y José Antonio Ferrer Benimeli, “La Masonería española: La Historia en sus textos”, Madrid, 1996.